在一座城市里,一个名叫刘芸的年轻人正以接近汽车的速度在马路上穿梭。突然,一辆汽车把他撞了出去,倒在血泊中。刘芸觉得他正被送往医院,但他逐渐听不清、看不清了。刘芸心想:我刚抓到游戏里的超级梦想,正要去上学。为什么我会这样挂掉?刘芸闭上眼睛,等待死亡。这时,一个穿着白色衣服的老人出现在刘芸的眼前。看到老人后,李云问他:“你是谁?”“别问我是谁,孩子。现在你离开了肉体,变成了灵魂。”“不可能!”“孩子,我看你有天大的遗憾,所以过来看看。你的寿命将近百年,现在却出事了。为了不让你失望,我来实现你的五个愿望。说吧,儿子,你想要什么?”想了一会儿后,刘芸对老人说:“我的第一个愿望是让我的父母高兴,不要让他们为我哭泣。我的第二个愿望是他们可以再生一个孩子。第三个愿望是,孩子要孝顺我的父母。第四个愿望是送我去神奇宝贝世界。至于最后的愿望,我还没想好。”“好吧,先帮你实现这四个愿望。”刘芸袖子一挥,又晕了过去。
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刘芸过了一会儿才醒来,听到有人在说话。“小智,快起床,晚上要迟到了。”刘芸意识到他已经进入了神奇宝贝的世界。小智(刘芸饰)以闪电般的速度换上衣服,然后手里拿着背包,嘴里含着面包,飞快地向大木研究所跑去。在路上,小智碰巧看到一个鸡蛋。他把它捡起来,放进包里,继续跑。这时,肖智看到了一个英俊的年轻人,他一眼就认出了是小茂。“早上好,小茂!”“叫少爷,一大早就迟到了。这怎么配做我的对手?”肖智没有理他,直接去了达木研究所。“小智今天怎么了?”说完,小茂带着他的拉拉队乘车离开了。
肖智博士激动的闯进了大木研究所,而大木博士几乎吓得要死。“哦,是小智,小茂等人已经走了,三只神奇宝贝也不见了。”“嘿嘿,我知道博士一定还有其他神奇宝贝。”大木博士奇怪今天小智怎么好像开窍了,从抽屉里拿出一个婴儿球递给小智。小智看着神奇宝贝球,心想,这一定是皮卡丘。太好了。小智赶紧离开神奇宝贝球,出来一只黄色的“老鼠”(皮卡丘)。皮卡丘一出来就摆出一副大架子,完全无视小智,但小智很喜欢,因为这只皮卡丘既是他的第一只神奇宝贝,又非常强壮。大木头博士正要说话。小智早就说过,“皮卡丘,一只老鼠神奇宝贝,几只老鼠聚在一起,身上带的电就会激起耀眼的闪电。脸上的两个红点就是电的地方。当受到刺激时,它会发出一百万伏特的电流。”“喂,小智,你怎么知道的?这只皮卡丘不想碰人类。一旦有人触碰,就会释放一些点。你想要他们吗?”“嗯,反正也没有别的精灵,就它了。”小智说着,报了皮卡丘。皮卡丘立即发出了电击,达木博士和肖智昏了过去。小智赶紧把皮卡丘抱回来。“小智,你小心点,还是这么莽撞。”说着,达木博士拿出了五张神奇宝贝球和插图,小智拿着东西边跑边和达木博士说再见。在门口,华子看见小智跑出来,但天已经黑了。她赶紧用湿毛巾把小智擦干净。“快点,妈妈,我得赶紧先走了。”“等等,这里有一些球给你。”花子拿出了八个球:一个主球,两个超重球,两个窝球和三个超级球。“妈妈,你怎么得到这些球的?”“这是你爸爸的,你可以用。”他把八个球递给小智,小智接过球,小智在妈妈喊的“啦啦队”的喊声下离开了镇心镇。
小智在一片森林中行走,当他远离鸟群时,他释放了皮卡丘。皮卡丘一出场就震惊了小智,把小智又一次变成了“黑炭”。皮卡丘看着肖智仍带着大架子,肖智走过去。“皮卡丘,你的电击真强。来吧,让我们一起变强。”皮卡丘看着那个对自己微笑的人,仔细考虑他说的话。最后,经过漫长的等待,皮卡丘终于接受了小智。小智拿起皮卡丘的神奇宝贝球,放在背包里。皮卡丘一脸迷惑。“皮卡丘,来我肩膀上。我知道你不喜欢呆在神奇宝贝球。”皮卡丘笑着跳上了小智的肩膀。此时的皮卡丘已经对小智充满了好感。小智找了个地方搭起帐篷,开始给皮卡丘分配任务。“皮卡丘,你先练习电击,看到前面的小树了吗?你得用电击打小树,然后加大功率用小树当靶子。好吧,我们先做吧。我先准备食物,一会儿我来检查你的结果。”小智说完就走了,留下皮卡丘在那里不停地给可怜的小树通电。
中午的时候,小智来看皮卡丘的成果,看到的时候惊呆了。因为皮卡丘在不断的给那里的树通电,而那些树比刚才粗了好几倍,皮卡丘的电击刚好会把树砍断。小智走到皮卡丘身边,停止了皮卡丘的训练,拿出了他做的食物(小智会做神奇宝贝的食物,而且很好吃,不知道他是不是天生的)。皮卡丘狼吞虎咽地吃着食物,他是否还在微笑地看着肖智,而肖智抚摸着皮卡丘的头发,心想:我什么时候才能见到小霞?